Dunia Biru, yang melambangkan akal, terus diserang oleh makhluk yang disebut Nightfly O'Note yang berasal dari Dunia Merah, yang melambangkan naluri. Akira Asagi, protagonis berusia 17 tahun yang merupakan seorang peneliti di Dunia Biru, dinominasikan untuk memimpin perang di Ryuukyuu LAG, sebuah fasilitas pertahanan yang dibanggakan di pulau Ishigaki dan Iriomote. Dia bertemu dengan unit tempur keenam "IS", yang dibentuk empat tahun setelah pertempuran sengit yang memusnahkan unit kelima. Akari harus memimpin keenam penunggang kuda ini, yang juga disebut Scared Rider Xechs, untuk bertarung melawan dunia lain sekaligus memperdalam hubungan di antara mereka.
