Pada tahun 2039, efek drastis dari pemanasan global telah menyebabkan naiknya permukaan air laut, yang mengakibatkan hilangnya daratan secara besar-besaran. Untuk memastikan umat manusia belajar dari hal ini, sebuah armada kapal perang yang kuat dan dilengkapi dengan persenjataan canggih muncul, menyebabkan kekalahan yang luar biasa bagi angkatan laut di seluruh dunia. Menyebut diri mereka Armada Kabut, setiap kapal memiliki "Model Mental," sebuah avatar humanoid yang mewakili jantung kapal, "Inti Persatuan." Setiap model memiliki kepribadian yang berbeda, tetapi semuanya mengikuti otoritas tak dikenal yang dikenal sebagai Admiralty Code, yang telah menerapkan blokade untuk mencegah manusia melakukan perjalanan melintasi lautan.
Tujuh belas tahun setelah blokade tersebut, Gunzou Chihaya, seorang alumnus Akademi Kelautan Nasional, menemukan I-401 dan Model Mentalnya, Iona, yang berpihak pada umat manusia untuk alasan yang tidak diketahui. Memanfaatkan harapan baru untuk mencapai perdamaian bagi umat manusia, Gunzou dan teman-temannya membentuk sekelompok prajurit, yang dikenal sebagai Blue Steel, saat mereka memulai perjalanan yang berbahaya.
