Kehidupan biasa Hajime Ichinose berubah ketika makhluk transenden bernama J.J Robinson memberinya sebuah buku kecil bernama NOTE-sebuah alat yang mengubahnya menjadi salah satu Gatchaman, pelindung legendaris Kota Tachikawa. Menekankan bahwa keberadaan kelompok mereka harus tetap dirahasiakan, sesama Gatchaman, Sugane Tachibana, membawa Hajime ke markas operasi mereka, di mana Paiman, pemimpin Gatchaman yang menyerupai panda, mengungkapkan tujuan mereka: membasmi alien yang membahayakan umat manusia. Ancaman eksistensial ini, yang disebut MESS, menjadi semakin berbahaya, menghancurkan semua yang mereka sentuh. Sekarang tergantung pada Gatchaman dan anggota baru mereka untuk menghentikan mereka sebelum dunia diliputi kekacauan.
