Kanji Sasahara adalah seorang mahasiswa baru yang pendiam dan sedang mencari tempat untuk berbaur. Suatu hari, ia secara tidak sengaja menemukan klub yang dikenal sebagai Society for the Study of Modern Visual Culture—atau yang lebih dikenal sebagai Genshiken—yang bertujuan untuk mengumpulkan berbagai aspek budaya otaku. Namun, kunjungan pertamanya ke klub tersebut tidak berjalan lancar, karena kebanggaan Sasahara dihancurkan oleh seniornya, Harunobu Madarame, dan ia meninggalkan pertemuan tersebut dengan menolak mengakui sifat otaku-nya. Namun, setelah berteman dengan anggota klub Makoto Kousaka, yang ternyata adalah seorang otaku sejati meskipun penampilannya tidak mencolok, Sasahara semakin terlibat dalam aktivitas klub, termasuk menggemari anime favorit mereka, membaca doujinshi, dan menghadiri konvensi. Di sana, ia bertemu dengan orang-orang menarik seperti pacar Kousaka yang sangat anti-otaku, Saki Kasukabe, yang berusaha mengubah pacarnya menjadi "pria normal."Sementara Saki berusaha memahami budaya otaku dan cinta pacarnya terhadapnya, Sasahara menemukan dirinya menikmati waktunya di Genshiken, secara bertahap melepaskan penolakan yang pernah ia miliki tentang menjadi seorang otaku dan tenggelam dalam gaya hidup otaku.
