Semakin berpuas diri dengan gelar "Anak Terkuat di Dunia" Baki Hanma menghabiskan hari-harinya dalam kabut kebosanan. Setelah akhirnya menyelesaikan perseteruan dengan ayah iblisnya Yuujirou, Baki mempertahankan gelarnya di Arena Bawah Tanah Kourakuen sambil menahan menguap karena kemudahannya mengalahkan penantangnya. Teman dan mentor Baki juga berjuang dengan keadaan damai baru ini, menyelesaikan latihan kekuatan yang luar biasa dengan sedikit antusiasme.
Tak lama kemudian, Jepang diguncang oleh terungkapnya eksperimen sains jangka panjang yang menghasilkan keberhasilan kloning samurai legendaris Musashi Miyamoto. Pejuang terkenal ini senang menguji kekuatannya melawan Baki dan ikon pertarungan lainnya di Tokyo, namun ia kesulitan untuk berasimilasi dengan era modern. Miyamoto berpegang teguh pada cita-cita kunonya tentang kehormatan dan duel sampai mati, sebuah filosofi yang bertentangan dengan masa kini yang lebih tenang.
Ketika pendekar pedang yang telah bangkit itu berusaha untuk mencapai puncak dari masyarakat asing ini dengan memotong teman-teman Baki, dia mendapati dirinya berada di jalur yang bertabrakan dengan remaja pendendam itu. Baki menerima kegembiraan ini dan bertemu langsung dengan saingan barunya.
