Seorang gadis muda bernama Zuru melakukan ekspedisi melalui kota pasca-apokaliptik yang dikendalikan oleh mesin untuk berburu makanan. Segalanya menjadi kacau ketika timnya secara tidak sengaja memicu program pertahanan AI kota yang disebut Safeguard. Diserang oleh mesin-mesin tersebut, teman-temannya hampir saja dimusnahkan ketika seorang pria misterius bernama Killy datang dan memusnahkan unit-unit yang memusuhi mereka.
Terlepas dari intervensi heroiknya, Zuru ragu-ragu untuk mempercayai Killy dan mempertanyakan motifnya. Dia mengungkapkan bahwa dia datang dari ribuan level di bawah kota untuk menemukan manusia yang memiliki Net Terminal Genes-sebuah sifat yang memungkinkan manusia untuk mendapatkan kembali kendali atas peradaban mereka dan mematikan Safeguard. Setelah mendengar ceritanya, Zuru dan anggota timnya bergabung dengan Killy dan memulai perjalanan untuk mencari Gen yang bisa menjadi harapan terakhir manusia untuk bertahan hidup.
