Setelah kebakaran misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarkannya tentang sihir dan keadilan.
Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah ketika ia terjebak di tengah pertarungan mematikan antara dua makhluk super yang dikenal sebagai Servant. Saat berusaha melarikan diri, anak itu ditangkap oleh salah satu Servant dan menderita luka yang mengancam nyawanya. Ajaibnya, ia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang ia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil Servant miliknya sendiri, seorang ksatria bernama Saber. Keduanya kini harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah pertarungan royale antara tujuh Servant dan penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tak lain adalah Cawan Suci yang maha kuasa itu sendiri.
Fate/stay night mengikuti Shirou saat ia berjuang menemukan batas tipis antara seorang pahlawan dan pembunuh, idealismenya bertabrakan dengan kenyataan keras di sekitarnya. Akankah anak itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati dalam upaya tersebut?
