Pada tahun 1923, krisis vampir mengguncang Tokyo. Dipicu oleh perdagangan ilegal “Ascra,” sumber darah buatan, populasi vampir mulai meningkat dengan cepat di dalam kota. Di bawah perintah Letnan Jenderal Sounosuke Nakajima, Unit Pasukan Khusus 16 mengumpulkan para vampir di dalam militer untuk membentuk unit pemburu vampir baru yang menyamar dan dikenal dengan sebutan Kode Nol.
Yang memimpin unit ini adalah Kolonel Yoshinobu Maeda. Bertanggung jawab untuk menemukan sumber perdagangan Ascra serta menangkap dan membunuh para vampir, dia ditekan untuk memberikan hasil yang bermanfaat di tengah-tengah meningkatnya kritik yang mengancam untuk menonaktifkan unit tersebut. Lebih buruk lagi, para vampir di dalam unit ini berjuang untuk memahami kekuatan dan identitas mereka yang baru mereka temukan setelah mereka tidak lagi menjadi manusia. Dengan dunia yang berselisih dengan mereka, para anggota Code Zero harus menemukan cara untuk mengatasi krisis ini atau menjadi korban dari sifat-sifat jahat mereka sendiri.
