Sahabat karib Yuu, Haru, dan Kotona menikmati kehidupan SMA yang tenang bersama. Namun, suatu hari, seorang pria yang mencurigakan mengejar dan menikam Kotona-sebuah malapetaka yang tidak dapat dicegah oleh Yuu dan Haru. Saat buru-buru membawa gadis itu ke rumah sakit, kedua anak laki-laki itu hampir tertabrak truk, namun secara ajaib mereka tidak terluka. Sebaliknya, mereka menemukan diri mereka berada di sebuah kerajaan yang mirip negeri dongeng dengan keragaman manusia dan makhluk-makhluk yang luar biasa.
Yang mengejutkan mereka, anak-anak itu menemukan bahwa Yuu, yang sejak kecil terkurung di kursi roda, sekarang bisa berjalan! Namun mereka tidak punya waktu untuk merenungkan situasi yang membingungkan ini, karena teman mereka hilang. Berangkat untuk mencari Kotona, Yuu dan Haru berhenti di sebuah pub lokal untuk menanyakan tentangnya. Namun, saat memeriksa foto Asha, putri kerajaan, keduanya mendapati hal yang mengejutkan.
Mengisahkan petualangan luar biasa di dunia magis, Ni no Kuni menunjukkan hubungan khusus antara dua dunia yang terpisah namun sejajar dan perwujudan ikatan di antara para individu.
