Fuu Kasumi adalah seorang pelayan muda yang canggung yang menghabiskan hari-harinya dengan tenang bekerja di sebuah kedai teh kecil. Namun, semuanya berubah ketika dia secara tidak sengaja menumpahkan minuman ke salah satu pelanggannya! Dengan sekelompok samurai yang terus-menerus mengganggunya, Fuu dengan putus asa memanggil samurai lain di kedai tersebut, Mugen, yang dengan cepat mengalahkan mereka menggunakan teknik bertarung liar, dengan gerakan yang mirip dengan breakdancing. Sayangnya, Mugen memutuskan untuk menantang Jin, seorang ronin yang enggan, yang menguasai gaya pedang yang lebih presisi dan tradisional, dan yang terakhir terbukti menjadi lawan yang tangguh. Masalahnya, mereka akhirnya menghancurkan seluruh kedai serta secara tidak sengaja membunuh putra magistrat setempat.
Atas kejahatan mereka, kedua samurai ditangkap dan dijadwalkan untuk dieksekusi. Namun, mereka diselamatkan oleh Fuu, yang mempekerjakan duo tersebut sebagai pengawalnya. Meskipun dia tidak lagi memiliki tempat untuk kembali, mantan pelayan itu ingin menemukan seorang samurai yang berbau bunga matahari dan meminta bantuan pasangan yang kini dibebaskan untuk melakukannya. Meskipun awalnya menentang ide ini, kedua samurai akhirnya setuju untuk membantu gadis itu dalam misinya; sehingga, trio ini memulai petualangan untuk menemukan prajurit misterius itu—jika Fuu bisa mencegah Mugen dan Jin saling membunuh.
Berlatar di periode Edo alternatif Jepang, Samurai Champloo mengikuti perjalanan ketiga individu eksentrik ini dalam petualangan epik penuh aksi, komedi, dan pertarungan pedang yang dinamis, semua diiringi oleh soundtrack hip-hop yang unik.
