Pada tahun 2020, sebuah negara menghadapi ancaman yang meluas dari “Yang Lain” – monster misterius yang jatuh dari langit dan memakan otak manusia. Pada saat yang sama, psionics, hormon yang memberikan kemampuan ekstrasensori kepada orang-orang tertentu yang efektif untuk melawan “The Others”, ditemukan dalam tubuh manusia. Selanjutnya, pendiri negara ini membentuk Pasukan Penekan Lainnya (Other Suppression Force, OSF) untuk memerangi monster-monster ini dan menyelamatkan umat manusia. Umumnya disebut sebagai Penjaga Merah, individu-individu muda dengan kekuatan psionik menjalani pelatihan intensif untuk bergabung dengan kelompok ini.
Suatu hari, negara mempersiapkan upacara pelantikan bagi para rekrutan luar biasa yang telah menyelesaikan pelatihan yang melelahkan untuk menjadi Penjaga Scarlet. Di antara para elit muda ini adalah Yuto Sumeragi, putra pendiri bangsa yang gigih; pada usia lima tahun, ia diselamatkan oleh seorang wanita di OSF. Untuk membayar hutang budi, ia bergabung dengan organisasi ini, dan ingin memanfaatkan pelatihannya dengan baik. Saat dia bertemu dengan rekan-rekan barunya, dia menghadapi masalah besar-wanita yang menyelamatkannya bertahun-tahun yang lalu sangat mirip dengan salah satu rekan satu timnya. Namun, hal ini seharusnya menjadi hal yang paling tidak dikhawatirkannya-tanpa sepengetahuannya, sebuah konspirasi sedang terjadi, yang mampu mengguncang seluruh negeri.
